La flauta travesera, la más conocida en la música occidental, aparece en China en torno al año 900 a.C. Hacia el 1100 d.C. pasa a Europa, donde se convierte en la flauta militar en las zonas de habla alemana (de ahí su antiguo nombre de flauta alemana). En la música de cámara de los siglos XVI y XVII, se tocaban conjuntos de flautas, desde la soprano hasta la bajo. Se hacían en una sola pieza y tenían un tubo cilíndrico con seis orificios.

La flauta fue alterada a finales del siglo XVII por la familia Hotteterre, de los que el más famoso es Jacques Martin, Le romain, constructores de instrumentos de viento franceses, que la fabricaron en tres piezas con una llave y un tubo cónico ahusado hacia afuera desde el intérprete. Esta flauta desplazó a la habitual hasta ese momento en la orquesta de finales del siglo XVIII. Se fueron añadiendo más llaves gradualmente para mejorar la afinación de ciertas notas; así, en torno a 1800, la flauta de cuatro llaves era común, y se desarrollaron flautas de ocho llaves durante el siglo XIX.

En 1832 el constructor alemán de flautas Theobald Böhm creó una con tubo cónico, que patentó en 1847. Éste será el modelo más extendido durante el siglo XX. La flauta Böhm está hecha de metal o madera, y tiene treinta o más orificios controlados por un sistema de llaves de tapón. Su extensión es de tres octavas a partir del do central. Otras flautas orquestales son el flautín o piccolo (una octava más agudo que la flauta soprano), y la flauta contralto, el bajo de las flautas.